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문화재조사는 고고학분야의 전문가들이 모여 땅 속에 묻혀있는 문화재(=매장문화재)를 조사 · 연구하는 것을 가리키며, 본 연구원의 주된 업무입니다.
문화재조사와 관련하여서는 문화재청이 주무관청이며, 문화재와 관련된 기관은 다양하며, 각 기관의 성격에 따라 문화재와 관계된 전시, 교육, 조사, 연구, 인력양성, 행정업무 등의 역할을 맡고 있습니다.
매장문화재는 땅 속이나 수중에 묻혀 있는 문화재(文化財)입니다. 매장문화재는 크게 유구(遺構)와 유물(遺物)로 구분되며, 유구는 집터, 무덤 등과 같은 구조물이고, 유물은 돌도끼, 도자기와 같은 물건들을 가리킵니다. 매장문화재 조사는 매장문화재의 존재여부를 확인하는 절차로서 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 법규와 행정절차 등이 자세히 규정되어 있습니다. 이러한 매장문화재 조사는 진행 절차와 방법에 의해서 지표조사와 발굴조사로 나누어집니다.
발굴은 잃었던 역사를 되찾는 일이며 조상들이 남긴 소중한 유산을 보고 배우기 위한 것입니다. 우리나라 역사를 알기 위해 우리는 삼국사기, 삼국유사, 고려사 같은 옛 책을 읽어야 합니다.
 
삼국사기에는 고구려, 백제, 신라의 역사가 쓰여 있습니다. 그러나 역사책에 들어 있는 내용들은 당시 왕들의 행적이나 궁궐에서 일어난 일, 그리고 특별히 기록으로 남길 만한 중요한 일들만 쓰여 있어 아주 적은 사실들만 알 수 있을 뿐, 일반 백성들이 살아온 이야기들은 자세히 알 수가 없습니다.
 
일례로 고구려 역사를 자세히 알기 위해 고구려 무덤벽화를 발굴하여 그림 속에 들어 있는 내용을 통해 고구려 사람들이 무슨 옷을 입었고 집은 어떻게 만들었으며, 얼굴 생김새는 누구를 닮았는지에 대해 자세한 모습을 알게 됩니다. 이렇듯 유적을 발굴해 보면 우리 조상들이 살았던 모습들이 생생히 남아 있어 역사기록에 남아 있지 않은 많은 것들을 알 수 있습니다. 그래서 발굴은 잃었던 역사를 되찾는 매우 중요한 작업입니다.
매장문화재 및 유적과 유물들은 본디 땅 속에 들어 있는 것들이지만, 땅속에 들어 있는 유물들이 자연의 힘이나 사람들에 의한 훼손의 결과 지표상에 드러나 있는 경우가 있기 때문에 유물의 흔적을 가지고 그곳에 유적이 있는지를 알 수 있습니다. 다시 말해서 큰 비에 의해 산사태가 나거나 홍수로 유실된 강가의 쌓임층에서 유물이 발견되는 경우가 있고, 사람들이 밭갈이를 하거나 크고 작은 공사로 땅속에 있던 유물들이 드러나는 경우가 있습니다.
 
이렇게 드러난 유물ㆍ유적들을 지형을 훼손시키지 않은 채 그 분포상을 확인하는 것을 지표조사라고 합니다.
지표상에 드러난 유물 · 유적은 조사 지역 안에 어떤 성격의 유적들이 있는지를 판단하는 기준이 됩니다. 지표조사는 고고학 전문가들이 하게 되며 매장문화재의 분포범위를 확인하는데 중점을 둡니다.
그러나 매장문화재 뿐만 아니라 의식주,풍속 등에 관한 민속자료와 전설, 민담, 민요, 방언, 가족제도 등 유ㆍ무형의 자료들, 그리고 천연기념물 등 자연유산에 대해서도 빠짐없이 기록으로 남겨 둡니다.
지표조사는 조사지역 안에 있는 유물 · 유적을 지표상에 드러난 상태대로 조사하는 것을 말합니다. 조사지역 안에 있는 유형문화재들은 지표조사에서 쉽게 확인 할 수 있지만 땅속에 들어 있는 매장문화재는 지표조사에서 쉽게 확인되지 않는 경우가 많습니다. 지표에 드러난 유물 · 유적을 확인하는데 한계가 있으므로 땅속에 들어 있는 구조물을 확인하기 위해 최신 과학기자재인 자력계나 지하투시 레이다, 전자탐침봉 등을 이용하여 땅을 파지 않고도 유적을 찾는 방법도 있으며, 항공사진 촬영으로 땅속(또는 수중)에 들어 있던 옛 도시 유적을 찾아내기도 합니다.
발굴조사는 고고학 전문가에 의해 이루어집니다. 발굴은 매장문화재를 보호하는 목적에 맞게 이루어져야 하기 때문에 일반 토목공사를 하듯이 효율적으로 시간과 예산을 집행할 수 없습니다.
따라서 발굴을 하기 위해서는 먼저 계획을 세워야 합니다. 유적의 규모와 성격에 따라 발굴 기간, 발굴 경비, 발굴조사단 구성, 발굴 방법 등이 달라질 수 있습니다.
발굴을 수행하는 조사단은 유적의 성격에 따라 다릅니다. 고고학 전문가도 유적의 시대와 성격에 따라 전문분야가 세분되기 때문에 전문성을 살려 조사단을 구성하게 됩니다.
지표조사에서 확인된 유적을 좀 더 분명히 밝혀 보기 위해 발굴을 하게 됩니다. 발굴이란 땅 속에 들어 있는 매장문화재를 과학적인 방법으로 드러내는 것을 말합니다. 지표조사에서 유적이 있는 것으로 알려진 지역에서 발굴을 통해 유적에 관한 정확한 정보를 얻을 수 있습니다.
발굴 방법은 유적의 성격에 따라 여러 가지가 있는데, 시간과 인력을 효율적으로 활용하여 가능한 최소한의 경비로 최대의 효과를 얻을 수 있는 방법을 고고학자들이 연구해 오고 있습니다.